地下工程系是在1956年建立的铁道建筑工程专业（含隧道工程方向）的基础上成立的，承担着隧道工程、地下工程和地下铁道等方向的基础理论和应用研究、教学及人才培养等工作任务。目前拥有桥梁与隧道工程国家重点学科、城市地下工程教育部重点实验室、隧道及地下工程教育部工程研究中心和隧道及地下工程安全性控制教育部创新团队，并建成了国家级虚拟仿真试验平台。现有教师31人，其中教授19人，副教授9人，教师队伍中包括973项目首席科学家2人（张顶立、袁大军），国家万人计划青年拔尖人才1人（房倩），教学、科研实力雄厚。

地下工程系承担着隧道工程、地下工程和地下铁道等方向的科研任务，在复杂条件下高速铁路隧道建造技术、大型海底隧道安全建造技术、城市地下空间开发与利用以及地下结构动力响应控制等方面取得了诸多突破性的研究成果，参与了包括厦门翔安海底隧道、京张高铁新八达岭隧道及川藏铁路隧道等我国大部分重点隧道工程建设的科学研究或技术咨询工作。近年来主持了包括2项973计划项目、2项863计划项目、1项国家重点研发计划项目和多项国家自然科学基金重点项目在内的一批国家和省部级重大科研项目，获得了多项国家及省部级科研奖励，并参编了多部技术标注与规范规程。与美国、日本、法国、新加坡、比利时、香港等国家和地区的学者保持密切交流与合作，并得到了国际合作基金的支持。

地下工程系为本科生和研究生开设地下工程、铁路隧道、隧道与地下工程施工、地下与岩土工程测试技术、地下铁道、爆破工程、地下结构设计理论、地下工程矿山法设计与施工、盾构隧道设计与施工、沉管隧道设计与施工、地下工程风险管理与控制、地下工程概念设计、地下工程试验、轨道交通振动环境影响与控制、地下空间的开发与利用等基础与专业课程。设有桥梁与隧道工程（隧道工程方向）、地下工程2个学科的博士点和硕士点。目前，每年招收20余名博士研究生和60余名硕士研究生。此外，还设有土木工程博士后流动站。